En diciembre del año anterior, Bustamante fomentó movimientos en contra de Guerrero con el objetivo de ocupar la presidencia. La caída de Guerrero fue obra de un motín militar.  El 31 de diciembre, Bustamante arribó a la ciudad de México para la apertura del congreso, y al día siguiente asumió el cargo en medio del escándalo y la censura pública.  En su gobierno Guerrero fue asesinado.

Después de la muerte de José María Morelos, en diciembre de 1815, el liderazgo de los independentistas insurrectos recayó en Vicente Guerrero, quién continuó la resistencia los años siguientes.  Agustín de Iturbide, convencido del costo de someter a los guerrilleros, ofreció al líder, el indulto y una amenaza en caso de no aceptar, no obstante, Guerrero rechazó el indulto y le ofreció apoyar un plan de alianza para consolidar la Independencia de México.

Favorecido por su cuñado, Manuel Godoy, comandante del ejército de Andalucía, José Joaquín de Iturrigaray y Arióstegui, fue nombrado virrey del virreinato de Nueva España, le dieron la bienvenida en la ciudad de México, en diciembre del año 1802 y se posesionó el 4 de enero de 1803.